李在明总统于13日就检察和公诉机关负责人参加国务会议可能损害政治中立性的质疑表示：“对此难以认同”，并指出：“这是根据政府组织法和宪法理所当然的事情。”
 
在当天青瓦台召开的第44届国务会议上，李总统提到：“似乎有人质疑为何要让负责调查的机构负责人参加国务会议。”
 

在6日的国务会议上，前种民中重大犯罪调查厅厅长代理、金钟哲警察厅厅长代理、李正炫公诉厅厅长代理均出席会议。此后，政治界部分人士对检察和公诉机关负责人定期参加国务会议表示不适当的批评。
 
李总统以政府组织法为依据，强调总统和总理有权指挥和监督中央行政机构的负责人。
 
政府组织法第2条第2款规定，中央行政机构是根据法律设立的部、处、厅等。同法第11条第1款规定，总统作为政府首脑，依法指挥和监督所有中央行政机构的负责人。第18条第1款则规定，总理在总统的命令下指挥和监督各中央行政机构的负责人。

 
李总统强调：“国家行政理所当然地在总统和总理的管辖之下”，并指出：“共同分享国家政策的总体方向和方针非常重要。”
 
然而，他明确表示总统或政府不应干预具体调查。
 
李总统表示：“对具体案件的处理不予干预”，并称：“对个别案件进行干预是不妥的。”
 
他进一步解释道：“检察机关也是为国家和人民履行职责的机构，分享国家政策方向和提出意见的过程是必要的。”
 
李总统还提到，其他行政机构同样负责直接影响人民权利和利益的许可、批准、专利等事务。
 
他表示：“因为从事直接影响人民利益的工作，就将其排除在分享国家政策方向的对象之外，这也是不正确的。”并补充道：“虽然可能存在分歧，但这是根据政府组织法和宪法理所当然的事情。”