第二次综合特检团队在调查三大特检未解决的疑点时，进展缓慢。尽管扩大了调查范围，涉及军队指挥线的调查因复杂性而受阻。

截至3日，综合特检已进行68天，接近90天的基本调查期限，并考虑申请30天的延期。虽然已对尹锡悦前总统和金勇贤前国防部长进行立案，但尚未取得实质性进展。

特检团队从17个疑点中选择了7至8个进行调查，包括总统官邸迁移和高速公路特惠等。

新的调查重点是总统府在对朝汇款事件中的角色，以及包括金明秀联合参谋本部议长在内的戒严军指挥线。

调查需要揭示谁下达了军队出动命令，并验证其合法性和目的，难度较大且耗时。

特检与大检察厅的冲突加剧，特检要求提供12·3戒严相关的监察资料，但大检察厅要求通过搜查令获取。特检认为这是调查阻碍，并请求对具子贤代理检察总长和金成东前监察部长进行纪律处分。

特检还扩大了调查范围，涉及总统府干预水原地检调查的指控，并对金勇贤前部长以军刑法上的叛乱罪进行立案调查。

然而，核心嫌疑人的调查进展缓慢，尹前总统和金前部长均未按计划出席调查。

特检团队还面临内部争议和人力不足的问题，权英斌特检补的利益冲突和金智美特检补的政治中立性问题导致调查延误。

特检团队仅有13名派遣检察官，未达到15人的编制，未来可能因起诉而进一步减少调查人力。

此外，因内乱同谋指控被举报的金官荣全北知事在接受特检调查后否认了相关指控。